新設法人の消費税はいつから払う？設立1期・2期が免税になる条件と例外

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調査・執筆株式会社Retraite（当サイト運営） 出典と編集の方針 最終更新 2026/11/01

会社を設立したばかりの1期目と2期目は、消費税の課税・免税を判定するもとになる基準期間がないため、原則として消費税の納税義務が免除される。ただし、資本金1,000万円以上で設立した場合や、特定期間の売上が一定額を超えた場合など、いくつかの例外では設立直後から課税事業者になる。この記事では、新設法人が免税になる仕組みと、免税にならない例外を国税庁の記載をもとに整理する。

消費税の納税義務は「基準期間の課税売上高」で決まる

消費税を国に納める義務があるかどうかは、その課税期間の基準期間の課税売上高で判定するのが原則である。国税庁のタックスアンサー「No.6501 納税義務の免除」は、基準期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者は、原則としてその課税期間の消費税の納税義務が免除されると説明している（消費税法第9条）。

基準期間とは、法人の場合はその事業年度の前々事業年度を指す。前々事業年度の課税売上高が1,000万円を超えていればその期は課税事業者、1,000万円以下なら原則として免税事業者になる。

設立1期目・2期目は基準期間がないので原則は免税

設立したばかりの会社には、前々事業年度そのものが存在しない。国税庁「No.6531 新規開業又は法人の新規設立のとき」は、新たに設立した法人の設立1期目・2期目は基準期間がないため、原則として納税義務が免除されると案内している。

つまり、設立から2期のあいだは、売上の大小にかかわらず原則として消費税を納めなくてよい期間になる。ただしこれは原則であって、次に挙げる例外のいずれかに当たると、設立直後から課税事業者になる。

例外1｜資本金1,000万円以上で設立すると1期目から課税

基準期間がない法人でも、その事業年度の開始の日の資本金（出資金）の額が1,000万円以上であれば、その期の納税義務は免除されない。国税庁「No.6503 基準期間がない法人の納税義務の免除の特例」が示す「新設法人」の特例で、根拠は消費税法第12条の2である。

この判定は設立1期目・2期目それぞれの期首の資本金で行う。資本金1,000万円未満で設立しても、1期目の途中で増資して期末までに1,000万円以上になった場合は、2期目の期首資本金が1,000万円以上になるため、2期目は課税事業者になる。資本金をいくらにするかは資本金・株式・決算期をいくつにするかで扱っている。

資本金1,000万円以上で新設法人に該当するときは「消費税の新設法人に該当する旨の届出書」を納税地の所轄税務署へ提出する。ただし、法人設立届出書にその旨を記載していれば、この届出書を提出したものとして扱われる。

例外2｜特定期間の課税売上高・給与が1,000万円を超えると課税

基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、特定期間の課税売上高が1,000万円を超えると、その期は免除されない（消費税法第9条の2）。国税庁「No.6501」がこの特例を案内している。

特定期間とは、法人の場合は原則としてその事業年度の前事業年度開始の日以後6か月の期間である。設立2期目は、1期目の最初の6か月が特定期間に当たるため、1期目の前半の課税売上高が1,000万円を超えると、2期目から課税事業者になることがある。

この判定は、課税売上高に代えて特定期間中に支払った給与等の金額で行うこともでき、どちらで判定するかは事業者が選べる。したがって、特定期間の課税売上高が1,000万円を超えていても、給与等の支払額が1,000万円以下であれば、給与のほうで判定して免税を保てる場合がある。

例外3｜親会社などに支配される新設法人（特定新規設立法人）

資本金1,000万円未満で設立しても、大きな事業者グループに支配されて設立された新設法人は、免税にならないことがある。国税庁「No.6503」は、これを「特定新規設立法人」の特例として説明しており、根拠は消費税法第12条の3である。

具体的には、他の者（個人または法人）に発行済株式の過半数を保有されるなどして支配されており、かつその支配する側のグループの課税売上高が5億円を超えるといった要件に当たる場合に、設立1期目・2期目でも課税事業者になる。個人が自分の資金だけで作るひとり法人では通常当たらないが、既存の会社が子会社として設立する場合などに関わる。

インボイス登録をすると免税期間でも課税事業者になる

ここまでの例外に当たらず原則どおり免税になる期間でも、適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）の登録をしていると、免税事業者には戻らず、課税事業者として申告・納税することになる。国税庁「No.6503」も、登録している場合は基準期間の課税売上高や上記の特例にかかわらず免税にならないとしている。

取引先が仕入税額控除のためにインボイスを求めるかどうかで、登録するかを判断することになる。登記や事業の住所にバーチャルオフィスを使う場合のインボイスの住所の扱いはインボイスの住所にバーチャルオフィスは使えるかで整理している。登録後の申告まで会計ソフトでどこまでできるかは会計ソフトの比較で確かめられる。

設立1期目の長さで免税期間の使い方が変わる

設立1期目・2期目が原則免税になることを踏まえ、設立1期目をできるだけ長く取って免税の期間を活かす考え方がある。事業年度は会社が自由に決められるため、決算月の決め方によって1期目の長さが変わる。決算月の決め方と消費税の免税期間との関係は決算月の決め方で扱っている。

なお、基準期間がない課税期間に、1つあたり100万円以上の調整対象固定資産を取得して一般課税で申告した場合などは、その後の一定期間は免税事業者に戻れず、簡易課税も選べなくなる。高額な設備を初期に買う予定があるときは、国税庁の案内で自分の場合の扱いを確かめておく。

課税事業者になるときに出す届出

例外に当たって課税事業者になるときは、どの例外かに応じた届出を納税地の所轄税務署へ提出する。資本金で該当するなら「消費税の新設法人に該当する旨の届出書」、特定期間の課税売上高で該当するなら「消費税課税事業者届出書（特定期間用）」といった書類である。設立後に出す税務署・自治体・年金事務所への届出の全体像は設立後に出す届出の一覧と期限でまとめている。

消費税をいつから納めるかは、法人化そのものの損得にも関わる。個人事業主が法人化する時期の考え方は法人化するタイミング、設立にかかる費用は会社設立の費用で確かめられる。

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